Rodos'un fethi hususunda Divan-i Hümayûn'da yapılan müzakerelerde ekseriyet, Rodos seferine taraftar görünmüyordu. Zira bunlar, Şövalyelerin şöhreti, adanın müstahkem olup uzun süre muhasaraya dayanabilmesi ve bir sefer vukuunda Avrupa'nın derhal buraya yardımda bulunabileceğini düşünüyorlardı. Bunlara göre sonu tehlikeli bir macera ile bitecek sefere girişmek doğru değildi. Bu düşünceye karşılık Vezir-i Azam Pirî Mehmed Pasa ile ikinci vezir Çoban Mustafa Pasa ve denizci Kurdoğlu Müslihiddin Reis, Rodos seferine taraftar olup Avrupa tarafindan endişe edilmemesi gerektiğini ileri sürüyorlardı. Bu arada casusları vâsıtasıyla Rodos hakkında bilgi toplayan Kanunî, sefere karar verir. Bununla beraber sefere çıkmadan önce, Hammer'in ifadesiyle " Kur'an-i Kerim'in emrini yerine getirmek için Üstada-i A'zam'a bir mektup gönderir. Bu mektupta Üstada-i Azam teslim olması isteniyor ve arzusu ile itaati kabul ettiği takdirde şövalyelerin hürriyetleri ile mallarına dokunulmayacağına dair, yerlerin ve göklerin yaratıcısı olan Allah, O'nun elçisi olan Hz. Muhammed ve diğer Peygamberler adına yemin ediyordu." Fakat bu teklif, Üstada-i Azam tarafindan red edilir.

          Bu sırada Avrupa devletleri de birbirleri ile mücadele halinde bulunduklarından, Rodos ile ilgilenebilecek durumda değillerdi. Rodos ile ilgilenebilecek tek devlet olan Venedikliler de yapılan ticaret antlaşması ile pasif hale getirilmişlerdi. Divan'da alınan sefer kararından sonra hazırlıklarına başlayan Osmanlı ordusunun basına serdar olarak ikinci vezir Çoban Mustafa Pasa getirilir. Öte yandan bu seferi haber alan Rodos Üstada-i Azamı Philippe Villiers de l'Isle Adam, bazı tedbirler alarak kaleyi tahkim ettirmiş, yiyecek depolatmış, şehrin önündeki limana zincir çektirmiş, ayrıca Papa ve Fransa'dan da yardim istemişti.

          Osmanlı donanması, 5 Haziran l522'de 300 gemi ile Çoban Mustafa Pasa komutasında harekete geçer. Donanmada pek çok mühimmattan başka onbin deniz ve itfaiye neferi bulunuyordu. Sultan Süleyman da 2l Receb 928 (l6 Haziran l522) tarihinde İstanbul'dan hareketle Üsküdar'a geçmiş, buradan Kapıkulu askerleri ve sefere memur olan diğer eyâletlerin tımarlı sipahileriyle birlikte karadan yola çıkmıştı. Bu sefere nadir bir istisna olmak üzere, Sadrazam Pîrî Mehmed Paşa'nın amcası olan Şeyhülislâm Zembilli Ali Cemalî Efendi (l503 l525) de katılmıştır.

          Osmanlı donanması, Rodos yakınlarındaki Gnido adasına varmıştı. 24 Haziran'da Rodos önlerine gelen Osmanlı donanması, Rodos kalesinin dört mil kadar doğusundaki bir limana demir atar. Kaleyi abluka altına alan ordu, Pâdişahin karadan gelmesini bekler. Nihayet Kütahya Aydın yolu ile Marmaris'e, oradan da 28 Temmuz'da Rodos adasına geçen yüz bin kişilik ordu, surlar boyunca mevzilenir. Bu esnada İngiliz, Fransız, İtalyan, İspanyol, Alman ve Portekiz milletlerine mensuba şövalyelerden müteşekkil Rodos müdafileri ise kalenin beş ana burcunu müdafaaya başlamışlardı.

          Çarpışmalar, 1 Ağustos'ta Alman burcuna top atisi ile baslar. Kanunî, Kızıltepe denen yerde otağını kurdurarak kuşatmayı buradan idare eder. Şiddetle ve birbiri ardınca süre gelen Osmanlı hücumları, beş ay kadar devam eder. Bu arada zaman zaman kısmî basarılar da kazanılmıştı. Sonunda dayanamayacaklarını anlayan şövalyeler, kaleyi teslim edeceklerini Kanunî'ye bildirmek zorunda kalırlar. Yapılan müzakereler neticesi 21 Aralık 1522'de bir teslim antlaşması imzalanır. Buna göre 213 yıllık sonuncu Haçlı Devleti de tarihe karışır. Buna göre Katolik Hıristiyanların Yakin Doğu'dan tamamen uzaklaştırılmaları da sağlanmış olur. Antlaşma gereği şövalyelerin adadan çekilmelerine müsaade edildiği gibi, şehirdeki Hıristiyanların dinî âyin ve inançlarında serbest olmaları, ada sakinlerine beş yıl kadar vergi vermemeleri ve kendilerinden devşirme alınmaması gibi imtiyazlar da bahsedilmiştir. Bu arada tanassur etmiş olan (Hıristiyanlığı kabul eden) Sultan Cem'in oğlu Murad da yakalanarak iki oğlu ile birlikte ortadan kaldırılır. Şövalyelerin Rodos'u terkinden sonra Pâdişah, 20 Ocak 1523'te Câmie çevrilen Saint Jean Kilisesinde Cuma namazı kılmıştı. Bu namazda imamlığı, sefere iştirak etmiş olan Şeyhülislâm Zembilli Ali Cemalî Efendi yapmıştı. Rodos, Midilli sancağına bağlanarak Dindarzade Mehmed Bey'in idaresine verilmiştir. Osmanlılar, ayrıca bu sefer sonrası Anadolu sahillerinde Bodrum, Aydos, Tahtalı kalelerini, Leros, Sömbeki, Kalimnos, Limonsa adalarını ele geçirmişlerdir. Böylece Rodos kalesi ve edesiyle birlikte Oniki adanın tamamı ve Bodrum da teslim olmuştu. Bodrum'un fethi, Anadolu tarihi bakımından da önemlidir. Zira burası, Anadolu'da Hıristiyanların elinde bulunan tek toprak parçası idi.

          29 Aralıkta Kanunî, Rodos şehrine girip kaleyi gezer. Bu günlerde Hıristiyanlık âleminde Noel kutlanıyordu Papa İkinci Hadrianus, Roma'da Saint Pierre'de Noel âyinini icra ederken, kilisenin saçağından bir tas düşüp Papanın ayağına doğru yuvarlanır. Kardinaller bu hâdiseyi muhasarası aylardan beri devam eden Rodos'un düşmesine işaret saydılar.

          Rodos'un fethi, Türk topçuluğunun Avrupa topçuluğu karsısındaki üstünlüğünü gösterdiği gibi, o çağda alınması adeta mümkün görülmeyen ve Hıristiyanlığın İslâm âlemine doğru bir kalesi sayılan adanın zaptı, Avrupa'da büyük bir hayret ve teessür uyandırmıştır. Bu arada Rodos'un fethini müteakibe Rodos hapishanelerinde bulunan altı bin kadar Müslüman esir de kurtarılmıştır.

          Rodos'a derhal Türk göçmenleri yerleşmeye başladılar. Birçok câmi, imâret, mektep, medrese, çeşme ve yol yapılıp ada imar edilir. Rodos, bir sancak merkezi olur. Buraya devamlı olarak bahriye sancakbeyleri (Tümamiral) vali tayin edildi. 2 Ocak günü aksam üzeri Kanunî Yeşil Melek kadırgasına binip Rodos'tan ayrılır. Anadolu'da Marmaris'e geçer. 3 Ocak'ta da Marmaris'te idi. Aydın, Midilli, Karaşi, Menteşe ve Saruhan sancakbeylerine, Anadolu beylerbeyimi Kasım Paşa'nın nezaretinde Rodos'taki inşaat, imar ve iskân isleri bitinceye kadar adada kalmalarını emrettikten sonra İstanbul'a doğru yola çıkan Kanunî 26 günde İstanbul'a varır. 29 Ocak l523'te yedi ay on iki gün süren bu ikinci sefer-i hümayûnunu bitirerek İstanbul'a gelmiş olur. Bu arada Osmanlı donanması da İstanbul'a döner.

          Rodos'un fethi edilmesi ile ilgili olarak gönderilen zafer namelere Venedik mukabelede bulunduğu gibi Sah İsmail de cülûstan beri ilk defa olarak taziyet ve tebrik vecibesini yerine getirmiş, Rodos fethinden dolayı da memnunluğunu bildiren bir mektup ile bir elçi göndermişti.

          Rodos'un fethi ile Avrupa'da Kanunî'nin şöhreti biraz daha artmış oluyordu. Belgrad ve Rodos'un, Hıristiyan dünyasının bu iki kilit noktası sayılan müstahkem kalelerinin Kanunî tarafindan düşürülmesi, Osmanlıların ileride başaracakları daha büyük fetihleri için bir işaret sayıldı.

1524 Mısır'da Hain Ahmed Paşa isyanı, Kazan Hanlığı'nın Osmanlı'ya tabiiyeti
1525 İlk Fransız elçisi İstanbul'da
1525 Şeyhülislam Zembili Ali Efendi'nin ölümü
1526 Mohaç Meydan Savaşı